毕业论文开题报告的院系意见通常包括以下几个方面：
选题适宜性
课题是否立足学校教育教学实际，选题是否适宜，研究方法是否能够完成研究过程。
论文选题是否紧扣专业方向，具有理论和实践意义。
研究基础与能力
学生对相关知识和理论研究是否透彻，参考了大量文献资料，是否具备完成选题的能力和条件。
学生的科研能力是否强，人员结构是否科学合理。
研究计划与安排
研究计划是否详细，研究方法和技术路线是否合理，研究时间和安排是否恰当。
是否具备详细的实验设计和准备，实验计划安排是否合理。
预期成果
预期成果和效果设计是否合理，是否具有科学性和可行性。
课题的研究成果和贡献是否具有重大理论和实践意义。
评审与通过情况
评审小组是否一致通过论文开题，是否同意该论文进入下一步研究工作。
学院是否认为该课题符合开题计划的要求，并具备课题条件。
综上所述，院系意见一般会集中在课题的适宜性、研究基础与能力、研究计划与安排、预期成果以及评审与通过情况等方面。如果这些方面都得到了肯定，那么院系通常会同意该课题按计划开展各项工作计划。