民办学校女教师怀孕后，可以采取以下措施来确保她的权益得到保障：
提前报备怀孕情况：
女教师在怀孕后应提前向学校报备，以便学校能够提前安排代课老师，确保教学活动的正常进行。
学校应合理安排工作：
学校应充分考虑到女教师的健康状况，合理安排她的工作时间和任务，避免安排过重的工作负担。
学校需安排代课老师：
在女教师正式休产假前，学校应找到合适的代课老师，以确保教学活动的连续性和学生的正常学习。
遵守相关法律法规：
根据《中华人民共和国劳动合同法》和《女职工劳动保护特别规定》，用人单位在女职工怀孕期间不得违法解除劳动合同。如果学校有特殊情况需要解除劳动合同，必须按照法律规定的条件和程序进行，并提前通知或支付相应的经济补偿。
保障产假和生育津贴：
女教师应享受法定的产假，包括产前休假、难产增加产假等，学校应按照相关规定支付生育津贴和医疗费用。
合理表达诉求：
女教师在怀孕期间如有合理诉求，学校应尽可能予以满足。如果学校未能妥善处理，女教师可以通过正当渠道反映问题，如向学校领导或上级教育部门投诉。
通过以上措施，可以确保民办学校女教师在怀孕期间的权益得到充分保障，同时也维护学校的正常教学秩序。