根据《金陵秘事》剧情发展，杨奇峰的结局如下：
被威胁与激怒 杨奇峰因计划破罐子破摔，向乔瑞年索要钱财并威胁离开南京。乔瑞年愤怒之下致电南测海，称杨奇峰如“疯狗”般危险，要求南测海安排其离开。
南测海的应对
南测海指示乔瑞年先稳住杨奇峰，自己则暗中策划将其转移。杨奇峰在索要钱财未果后，决定彻底离开南京，但南测海避而不见。
感情与权谋的冲突
杨奇峰在离开前与南测海产生矛盾，南测海暗示其干部局有提拔计划，试探杨奇峰的忠诚。杨奇峰为保住秘书职位，谎称愿意继续追随南测海，实则心怀不满。
乔瑞年的反击
当杨奇峰再次向乔瑞年示好时，乔瑞年识破其虚伪，愤怒指责南测海玩弄感情。杨奇峰在乔瑞年情绪失控的状态下，被其抓住并最终被处决。
总结：
杨奇峰因自身野心与权谋失误，最终死于非命，成为其野心膨胀的悲剧牺牲品。