在《金陵十三钗》中，躲在教堂的人物包括：
风尘女子
玉墨：南京城的一个风尘女子，和其他11名风尘女子一起躲在教堂。
其他11名风尘女子：与玉墨一起来到教堂，但其中两名在途中被日军杀害，最终只剩下12人。
女学生
书娟：带领三名女学生前往教堂，后来与其他女学生一起躲在教堂。
其他女学生：与书娟等一起被李教官率领的教导队救出并带到教堂。
美国神父
约翰·米勒：为了救人而冒充神父，在教堂中保护女学生和风尘女子。
中国养子
教堂的中国养子帮助打理教堂卫生，并在需要时穿上女装混入女学生中。
国军伤兵
浦生：一个从死人堆里爬出来的国军伤兵，被李教官救下并带到教堂。
其他伤兵：有几名国军伤兵也躲在教堂中，最终与日军抗争至死。
这些人物在教堂中共同面对日军的残暴，展现了人性的光辉和勇气。