高中学生的综合素质档案主要有以下用途：
高中学校教育用途
高中学校利用综合素质评价，对学生成长情况进行科学分析，全面优化课程建设，引导学生发现自我、做好自我成长规划，促进学生全面而有个性地成长。
高校招生录取重要参考
综合素质评价结果作为高校招生录取的重要参考。高等学校根据办学特色和人才培养要求，制定科学规范的高中学生综合素质评价使用办法，并提前向社会公布。在考生分数相同时，综合素质评价档案可以作为优先录取和优先安排专业的依据。在统一高考招生录取、综合评价录取、高职院校分类考试录取中，综合素质评价档案材料可以形成考生综合素质评价等级或成绩，并在考生录取总成绩中占一定权重。
社会机构或用人单位使用
经学生本人同意，其他社会机构或用人单位可以通过学校或教育行政部门取得相关学生不具有隐私性质的综合素质评价材料内容。
其他用途
综合素质评价档案还可以作为大学录取后的退档条件之一，以及可否获得高中毕业证的重要依据之一。
综上所述，高中学生的综合素质档案在多个方面均发挥着重要作用，不仅是高中学校教育的参考，更是高校招生和用人单位选拔人才的重要依据。