在《三国演义》中，司马懿对诸葛亮琴曲的评价是：“ 心乱则音噪，心静则音纯，心慌则音误，心泰则音清”。这句话表明，司马懿通过诸葛亮的琴声，感受到了诸葛亮的内心世界和情绪变化。琴声乱，说明诸葛亮内心慌乱；琴声纯，说明诸葛亮内心平静；琴声误，说明诸葛亮内心慌张；琴声清，说明诸葛亮内心泰然。司马懿认为，通过这首曲子，他仿佛能够透视诸葛亮的肺腑，了解其内心的真实想法和情绪。
此外，司马懿还提到这首曲子并不是杀气十足，而是比较淡雅的曲子，如《南风畅》和《卧龙吟》等。他认为，如果弹奏《十面埋伏》这样的曲子，可能会激发司马懿的斗志，导致他立即攻城，这样《三国演义》的故事就无法继续写下去了。
综合来看，司马懿对诸葛亮琴曲的评价非常高，他认为这首曲子不仅反映了诸葛亮的内心世界，还传递了诸葛亮对局势的精准把握和从容不迫的心态。