东华帝君和凤九不能在一起的主要原因是 三生石上没有他们的名字。三生石是掌管天下姻缘的，上面没有名字的人意味着他们无法拥有正常的姻缘。东华帝君为了守护四海八荒，避免自己成为敌人的弱点，主动在三生石上抹去了自己的名字，从而断绝了与凤九的姻缘。尽管东华帝君深爱着凤九，但由于责任和命运的安排，他不得不多次拒绝凤九的爱。
此外，东华帝君还考虑到，如果他强行与凤九在一起，可能会给四海八荒带来灾难和混乱。他认为，自己作为天地共主，保护天下苍生的责任比个人的爱情更为重要。因此，他选择牺牲自己的幸福，来维护整个世界的和平与稳定。
综上所述，东华帝君和凤九无法在一起，是因为他们在三生石上没有名字，而东华帝君为了履行保护四海八荒的责任，不得不放弃自己的爱情。