京东收取运费的原因主要有以下几点：
覆盖商品运输成本：
京东需要承担商品从仓库到消费者手中的配送成本，包括包装、人力、物流、仓储等环节。这些成本需要通过运费来进行覆盖。
维持平台盈利：
运费是京东平台盈利的一部分，能够帮助维持运营和发展，提供更好的服务和购物体验。
公平合理的收费：
运费的收取是根据商品的重量、体积、配送距离等因素来确定的，这样可以保证运费的公平合理。不同商品的运费差异可以反映出不同商品的配送成本差异，消费者可以根据自己的需求和预算来选择购买。
促销活动：
京东经常会举办一些促销活动，如满减、满赠等，消费者在参与这些活动时，可以享受到一定的运费补贴。这样既能吸引消费者参与活动，增加销量，同时也能减轻消费者的购物负担。
第三方商家商品：
对于购买第三方商家的商品，由于商家并没有包邮的义务，因此需要消费者支付运费。
特殊商品或运输成本：
针对一些特殊的商品或需要特殊的包装和运输方式的商品，需要额外的运费来保证商品的质量和安全。
地区差异：
根据地理位置和仓库库存情况，不同地区的用户在购买同一个商品时，运费可能不同，京东也需要根据不同的情况进行差异化的收费。
物流效率：
加运费的服务可以帮助京东提高物流效率。因为在加运费之后，消费者在下单时就能够看到商品的实际价格，从而更好地评估自己是否需要购买。这样，京东可以避免因为运费问题而导致的退货和换货，进而减少物流成本和时间。
综上所述，京东收取运费是为了覆盖商品运输成本和维持平台盈利，同时提供公平合理的收费标准和灵活的促销活动，以满足不同消费者的需求和提高物流效率。