司马懿与诸葛亮在历史上确实有过交手。根据《三国志》记载，诸葛亮与司马懿在正史中交手过三次。这三次交手分别发生在诸葛亮的第四次和第五次北伐期间。
第一次交手：
公元231年，诸葛亮第四次北伐，包围了魏军部署在祁山地区的贾嗣、魏平部。司马懿按照既定战略，立即收兵据险防守，不与诸葛亮交战，诸葛亮只得率军退回。
第二次交手：
公元234年，诸葛亮第五次北伐，率领十万大军出斜谷口。司马懿早早看破其计谋，在中途卡住了诸葛亮进军的路线，将战场推至五丈原。两军相持二百多日，司马懿选择避而不战，诸葛亮因长期积劳成疾，最终病故于五丈原。
第三次交手：
虽然《三国演义》中描述了许多次诸葛亮与司马懿的交锋，但实际上正史中并未详细记载他们之间的第三次正面交锋。
综上所述，司马懿与诸葛亮在正史中确实有过三次交手，而非《三国演义》中所描述的多次。这些交手主要体现在战略和心理层面的对抗，而非直接的战场交锋。