刘裕在灭掉司马家族之后，对司马家的成员进行了大规模的屠杀，但具体有多少人被杀害并没有一个明确的数字。根据《资治通鉴》的记载，刘裕攻灭司马家族后，“斩首三万级”，而《南史》则记载“杀其宗族男女无遗类”。这两种说法之间存在着较大的差异，因此无法给出一个确切的数字。
此外，刘裕还杀了6个皇帝，并将司马氏有权势的人杀了个精光，但并没有将所有的司马氏杀尽，因为部落的贵族不会对自己产生任何威胁。
因此， 无法确定刘裕杀了司马氏具体多少人，但可以肯定的是，刘裕对司马家族进行了大规模的屠杀，导致许多司马家族成员死亡。