关于《萌学园》大电影结局，综合搜索结果中提到的信息，主要剧情走向如下：
角色转变与冲突
导演帕和老师布兰妮化身焰王和谜亚星，雷普成功阻止了暗黑大帝占领孟书院的阴谋。暗黑大帝附身暗黑武士后，莱普与萌骑士五星合力对抗暗黑大帝，但暗黑大帝仍受重伤。
孟书院的回归与战斗
萌学园在奈亚公主的强行传输下，被带回索瑞尔的细剑城。萌骑士与五星公主Naia联手，最终击败暗黑大帝，但暗黑大帝的附身者逃脱。
后续行动与牺牲
帕和老师布兰妮为拯救世界，决定将复活石借给步快先生完成时光机发明，寻找夸克科学家西斯娜女神。
莱普在战斗中牺牲，萌学园失去重要成员。
结局与主题
电影以萌学园成员的牺牲和成长为主线，展现了友情、勇气与牺牲精神。部分观众认为结局暗示了奈亚公主将继续守护萌学园的使命。
注：不同来源对细节描述存在差异，建议观看官方电影或动画版以获取完整信息。