汤姆历险记中遇到的困难包括：
墓地目击凶杀案：
汤姆和哈克在墓地无意中目睹了印第安人乔杀害罗宾逊大夫的过程，并因此害怕乔。
小木屋中的惊险：
汤姆和哈克在小木屋中差点被乔发现，楼梯的倒塌使他们逃过一劫。
山洞迷路：
汤姆和蓓琪在山洞中迷路，经历了饥饿、干渴、黑暗和恐惧，最终通过汤姆牵着的风筝线找到出口并被救。
当海盗：
汤姆和哈克离家出走，跑到荒岛上做起了“海盗”，度过了一段艰难的时光后，汤姆最终决定回家。
面对杀人凶手的指控：
在野餐活动中，汤姆在山洞里再次遇到印第安人乔，并最终勇敢地指证了乔。
寻找宝藏：
汤姆和哈克在山洞中找到了宝藏，成为镇上的小英雄。
冒险中的各种挑战：
在寻找魔法宝盒子的过程中，汤姆经过了森林、沙漠和冰原，最终到达一个奇幻的岛屿，并在那里遇到了大蜘蛛。
这些困难展现了汤姆的勇敢、智慧和正义感，最终帮助他克服了重重难关，获得了成长和成功。