《汤姆·索亚历险记》的中心思想是强调正义最终战胜邪恶，并通过主人公汤姆·索亚的冒险经历，对美国虚伪庸俗的社会习俗、伪善的宗教仪式和刻板陈腐的学校教育进行了讽刺和批判。小说以欢快的笔调描写了少年儿童自由活泼的心灵，颂扬了汤姆和他的小伙伴们的天真纯朴，同时鞭挞了贪婪与凶残。
小说还表达了以下观点：
面对邪恶势力要敢于斗争，善于斗争。
教育不能扭曲儿童的天性，教育者应关心、理解孩子，并多与孩子沟通。
少年儿童追求自由自在，具有少年生活特点的娱乐和冒险。
对一切与教会有关的清规戒律感到无法忍受，反对死读书、刻板的戒律和规矩。
汤姆·索亚渴望成为一个英雄，并为此进行了种种恶作剧和冒险。
汤姆在成长过程中，逐渐认识到社会习俗和赞许的重要性，同时也表现出了对个性自由的热爱与追求。
这些观点共同构成了《汤姆·索亚历险记》的主题和深层含义