女儿研究生毕业时，爸爸的祝福语可以包含以下几方面内容：
祝贺学业有成
女儿是最棒的，学业有成，两年辛苦，换来毕业文凭，即将开始人生价值的开始。希望女儿事业越来越顺!
学成成就丰硕，为祖国的建设可以添一份力了。祝贺女儿学业有成!
肯定努力和成长
我们记得你从小到大都是自立自强学习，没有让我们在学习上为你操过心，我们一直为你学业有成感到骄傲。今天你又开始了更高层次的学习，我们十分欣慰，预祝你取得更好的成绩，将来为祖国的建设做出自己的贡献。
没有比脚更长的路，没有比人更高的山。永往直前路永远就在脚下，永往直前你永远是最高摘到!
鼓励未来展望
祝贺你考取了自己理想的研究生，那段艰苦奋斗、刻苦学习的日子可以暂画一个句号了，这段日子，让自己干自愿事，吃顺口饭，听轻松话，睡安心觉吧!
在接下来这段日子里，让自己彻底放开心、轻松一下吧!
期望和祝福
献上依依惜别的祝愿，愿福乐时刻与你相伴。
女儿研究生毕业，爸爸肯定是感慨万分，回忆这么多年的学习成长，既有欢欣鼓舞也有泪水失败，但总归是梅花香自苦寒来，女儿能顺利毕业，爸爸可以回顾一下女儿成长路上的一些小趣事，祝福女儿在今后的工作中不骄不躁，继续保持一个好状态。
这些祝福语既表达了对女儿学业成就的肯定，又寄予了对她未来发展的美好期望和鼓励，希望女儿能够继续保持优秀品质，不断前行，取得更大的成就。