无名王传君杀公爵的原因主要有以下几点：
因爱上唐部长而刺杀失败的江小姐：
何先生（王传君）是卧底，他没有杀因爱上唐部长而刺杀失败的江小姐，因此得到了江小姐回赠的《在沪重要日本人名录》，从而策划了刺杀公爵一事。
嫌麻烦：
王传君和叶秘去海滩看他们有没有死透收尸时，发现公爵喘气，因为嫌麻烦，王传君杀了他抛尸。
对叶秘的疑心：
王传君在知晓公爵身份后，对唯一知道自己是凶手的叶秘起了疑心杀心，他害怕叶秘对日本人告密，祸及家庭，而自己的确也被日本人所疑。最终，他的疑心让他背叛了叶秘，被叶秘所杀。
争家产：
也有说法称，王传君杀公爵是为了争家产，因为老公爵也是关谷神奇他爹。
综合以上几点，王传君杀公爵的原因是多方面的，包括个人情感、利益冲突以及疑心重重的心理状态。