《穿越西元3000后》的单行本主要讲述了以下故事：
穿越背景
故事的主人公叶冰瑶是一位生活在西元2011年的少女。在一次学校露营活动中，她和好友卫小桔发现一个山洞中闪出丝丝绿光，决定一同前往探索。
在山洞中，她们发现某个装置开始转动，叶冰瑶在小桔的尖叫中失去了意识。醒来后，她发现自己裸体地掉在一个未知的地方，面前有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥葳斯基。
初遇与困境
葳斯基误以为叶冰瑶是火星来的人形机器人，并命令属下控制她的行动。叶冰瑶在机器手中再次失去意识。
当她再次醒来时，发现自己已被控制，葳斯基正拿着电锯准备将她解剖以证明她是机器人。
救援与清白
离博士出现，以调查为由阻止了葳斯基的行动，叶冰瑶得以保命。
通过离博士的调查，叶冰瑶最终洗脱了冤屈，证明了自己并非机器人。
角色介绍
叶冰瑶：故事的女主角，2011年的少女，因意外穿越到西元3011年，经历了种种困境后，最终证明了自己的清白。
葳斯基：地球联军A国的上将，最初误以为叶冰瑶是火星机器人，后来成为她的保护者。
离博士：温和的帅哥博士，以调查为由救下了叶冰瑶，并帮助她洗清冤屈。
姬怜美、 季风之隐：故事中出现的神秘角色，与叶冰瑶的命运交织在一起。
历史背景
故事设定在核战争后的地球，2200年至2500年间，核战争给地球带来毁灭性灾难，导致基因变异和恐怖怪物出现。
2600年代以后，人类在地球上重建家园，同时大量向火星移民，火星殖民地的政权落入科技精英组织手中。
情感线
故事中，叶冰瑶与葳斯基、离博士之间展开了一段跨越千年的爱恋。
《穿越西元3000后》通过叶冰瑶的穿越经历，展现了一个充满冒险与爱情的未来世界，同时也探讨了科技、人性与生存的主题。