《汤姆索亚历险记》主要讲述了一个生活在19世纪上半叶密西西比河畔的小镇上的调皮男孩汤姆·索亚的冒险故事。汤姆是一个天真活泼、敢于探险、追求自由的孩子，他受不了姨妈和学校的管束，常常逃学闯祸。故事从汤姆和好朋友哈克贝利·费恩在墓地里意外目睹一起凶杀案开始，他们害怕凶手发现，于是逃到荒岛上做起了“海盗”，弄得家里以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手印第安·乔。
不久之后，在一次野餐活动中，汤姆与他心爱的姑娘贝琪·撒切尔在一个岩洞里迷路了，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。最终，他们走出了山洞，并告诉村里人在山洞里见到了杀人犯印第安·乔，当村人在洞中找到印第安·乔时，他已经死了。最后，汤姆和哈克重返山洞，找到了一笔宝藏，成了这个村的英雄。
整个故事以欢快的笔调描述了孩子们自由活泼的心灵，并通过汤姆的冒险经历，对美国虚伪粗俗的社会习俗、虚伪的宗教仪式和刻板的学校教育进行了讽刺和批判。