《末日三问》的结局存在不同的解读，以下是几种可能的解释：
珂朵莉最终去世
在小说结局中，珂朵莉最终去世，威廉和奈芙莲坠落地面并被卷入最初之兽制造的幻境。他们发现最初之兽是威廉曾经爱过的女孩爱尔梅莉亚，她因诅咒变成“兽”的源头。威廉决定以“兽”的身份与商国对抗。
威廉和奈芙莲陷入无尽昏迷
动漫结局中，男主角威廉和女主角奈芙莲并没有死亡，而是陷入了无尽的昏迷和相同的回忆。他们进入了一个由回忆组成的虚假世界，最终在这个回忆里发现了兽的真相。最后，他们醒来了，并变成了最初的兽。
珂朵莉转世
小说中，珂朵莉在战胜第六兽并与男主角告别之后，她的此世记忆、情感连同生命都消失了。她的转世诞生已经说明她在战胜敌人后，选择了离开这个世界。
这些不同的结局版本可能源于不同的改编或解读，具体哪个版本是官方认定的结局，可能需要参考原著小说或官方声明。