抗日战争时期的国民党派系主要包括以下几个：
士官系：
以曾在“日本陆军士官学校”学习过的将领为一派，代表人物为何应钦、汤恩伯、张群等。在抗战初期，国民政府所辖六个战区司令长官中，士官系就占了四个。
保定系：
以曾在北洋政府建立的保定陆军军官学校深造过的将领为一派，代表人物有顾祝同、陈诚、薛岳、刘峙等。在抗战初期国民党军队的战斗序列里，保定系将领担任了多个重要职位。
黄埔系：
于1924——1927年曾在孙中山创立的广州黄埔军校毕业的前6期的将领为一派，代表人物包括胡宗南、杜聿明、关麟征、郑洞国、廖耀湘、王耀武、胡琏等。全面抗战后的第二年（1938年），国民党正规军共编200个师，其中蒋介石嫡系部队40余个师，师长基本都是黄埔军校毕业生。
土木系 （陈诚系）：以陈诚为核心，是中央军的支柱之一，在淮海战役时主力被解放军消灭。因“土”拆开为“十一”、“木”拆开为“十八”而得名。
胡宗南系：
以胡宗南为首，又称为黄埔系，是中央军的一个重要派系。
汤恩伯系：
以汤恩伯为首，是中央军的一个派系，有时也被称为“陈胡汤”。
亲日派：
代表大地主资产阶级利益的国民党内，有亲日派和亲英美派两个利益集团。亲日派以国民党副总裁汪精卫为首，主要成员有周佛海、陈公博等。他们在抗日战争刚开始时主张妥协投降，并与日本侵略者进行勾结。
这些派系在抗日战争期间各有其军事和政治影响力，相互之间存在合作和竞争的关系，共同参与了抗日战争。