《汤姆·索亚历险记》主要讲述了以下故事：
墓地目击凶杀案：
汤姆和他的朋友哈克贝利·费恩深夜去墓地玩耍，无意中目睹了印第安·乔伊杀害罗宾逊大夫的凶杀案。他们因为害怕被凶手发现，逃到荒岛上做起了“海盗”，结果家人以为他们淹死了，他们却出现在了自己的“葬礼”上。
勇敢指证凶手：
在法庭上，汤姆经过激烈的思想斗争，勇敢地站出来指证了凶手印第安·乔伊，最终使波特无罪释放，而乔伊越狱逃跑。
山洞寻宝：
汤姆和哈克在山洞里迷路，饥寒交迫了三天三夜，最终成功逃脱，并找到了凶手埋藏的宝藏。
加入“强盗帮”：
故事最后，汤姆和哈克加入了“强盗帮”。
这些故事通过汤姆·索亚的冒险经历，讽刺和批判了19世纪上半叶美国虚伪庸俗的社会习俗、伪善的宗教仪式和刻板陈腐的学校教育，同时以欢快的笔调描写了少年儿童自由活泼的心灵。