《乡村爱情》中刘能角色的更换存在多种原因，具体如下：
身体原因
王小利因身体原因无法继续出演《乡村爱情13》，他本人也证实自己之前肝脏出现问题，浑身没劲，因此无法参与拍摄。
与公司立场冲突
有说法称，疫情期间公司允许艺人通过直播赚钱，但王小利沉迷于直播，不听从公司安排，甚至与师傅赵本山产生冲突。因此，公司决定更换演员。
个人工作安排冲突
官方给出的解释是王小利因个人工作安排与拍摄《乡村爱情》系列的档期相撞，因此无法继续出演，并亲自推荐徒弟赵明远代替。
综合以上原因，可以得出结论：刘能角色更换的主要原因是王小利因身体原因无法继续出演，同时与公司及个人工作安排存在冲突。最终，赵本山选择让徒弟赵明远接替刘能的角色。