《轩辕剑5外传：汉之云》的结局存在多个版本和解读，具体如下：
朝云牺牲，变成剑
依娃在等待皇甫朝云多个春秋后，青龙圣女（轩辕剑5正传一号女主角）从海里走出来把剑交给依娃。皇甫朝云去山海界后，心智被他的弟弟控制，在帮助他弟弟完成一个心愿后，最终牺牲自己，变成剑，由青龙圣女送回轩辕界。
朝云和暮云相斗，朝云获胜
结局中，朝云和暮云兄弟相斗，最后朝云获胜。诸葛亮去世，赤衣使者来寻仇，被主角打败。朝云为完成弟弟的愿望去了山海界，数百年后在海边和耶亚希的灵魂重聚。
朝云和耶亚希灵魂重聚
朝云在山海界完成任务后，回到现实世界，与耶亚希的灵魂在海边重聚。此时，距离他们分别已经过去了数百年。
隐藏结局
隐藏结局中，轩辕剑回归原形，后被青龙圣者夏柔送回轩辕界。此时，轩辕界已过数百寒暑。
这些结局版本和解读在玩家和观众中引发了广泛的讨论和猜测，具体哪个版本是官方认定的正统结局，可能因个人喜好和解读而异。